Boca Juniors recibió en nueve oportunidades a rivales uruguayos por la Copa Libertadores de América: ganó siete partidos, empató uno y perdió uno.
El primer antecedente data del 15 de agosto de 1963: en el turno de vuelta por las semifinales se impuso 1-0 a Peñarol con gol de José Sanfilippo, clasificándose finalista.
En 1977, por la primera fase, el 28 de abril derrotó por 2 a 0 a Defensor Sporting. El 11 de mayo de ese mismo año venció por 1 a 0 a Peñarol, con tanto marcado por Jorge Ribolzi. En 1979, en semifinal, el 16 de mayo se impuso nuevamente por 1 a 0 a Peñarol, con anotación de Armando Capurro.
El siguiente encuentro se remonta a 1986, por la primera fase: el 1 de agosto igualó 1-1 con Peñarol, con goles marcados por Jorge Rinaldi de penal para Boca y por Daniel Vidal para el equipo aurinegro. Boca Juniors y Nacional de Montevideo tienen un largo historial de 58 partidos, con veinte triunfos para cada uno, 18 empates y apenas tres goles de diferencia a favor de los uruguayos (101-98).