Sarmiento creía que los aborígenes debían y podían ser incorporados a la sociedad a través de un proceso de civilización. Para comprender esta cara de su pensamiento son fundamentales los estudios realizados por Adriana Susana Eberle durante los noventa.
Durante la Conquista del Desierto Domingo Faustino llevó a cabo una campaña denunciando tratos otorgados a los aborígenes. Consideraba necesario separar a los miembros de las tribus y reubicarlos en zonas civilizadas, así irían contagiándose de "buenas costumbres".
Su plan consistía en enviar al campo a los hombres de cada grupo tribal, mientras que mujeres y niños terminarían en la ciudad, en casas de familias. Los pequeños mayores de diez años debían ser separados de sus madres porque estas les transmitían su ignorancia. Hay que entender que desde la perspectiva de la época y la cosmovisión sarmientista, la lucha contra la "barbarie" justificaba que los niños se criasen lejos de su familia.
Más que militarizar la frontera, para el sanjuanino se debía poblar el territorio. Así una parte de familias aborígenes estarían situadas allí, en terrenos delimitados con escuelas, gobierno, culto (no solamente la católica, se admitirían otras religiones) y la ayuda que necesitaran para subsistir. Estos no vivirían solos, se sumarían a los inmigrantes como potenciales pobladores del territorio.
Esta claro que Sarmiento no respetaba culturalmente a los indígenas, pero fue un gran defensor del derecho de estos a la vida, muy por el contrario a lo que se expresa generalmente. Dentro de sus Obras completas el volumen XLI contiene más de veinte trabajos referidos al tema. En uno de ellos, escrito para El Nacional en 1879 y titulado "Expedición a Araucania", leemos esta crítica al gobierno de Avellaneda y su accionar para acabar con el "problema del indio":
"Es peor política e inicua además, la que tiene por empresa el exterminio de los indios sin pretexto de la propia defensa. Son al fin seres humanos, y no hay derecho para negarles la existencia. No lo ha hecho nación ninguna hasta ahora con los salvajes (…). Los Estados Unidos dan territorios en propiedad a las tribus que expulsan de sus fronteras, a fin de asegurarles la existencia (...) esta persecución á outrance es además de impolítica y absurda, una flagrante violación de la Constitución, que dando al Congreso facultad para proveer de soldados y dinero a la seguridad de la frontera, lo hace en una sola oración conjuntamente con conservar el trato pacífico con los indios, y promover la conversión de ellos al catolicismo. (…) es puramente un acto salvaje, en violación a lo dispuesto por la Constitución, y el Derecho de Gentes en lo que no autoriza el desalojo total de las razas primitivas. No ha de escasear ni de hacerse esperar mucho tiempo el escarmiento, sino el castigo de política tan injustificada y arbitraria, pues el Presidente no puede disponer del ejército para fines opuestos a la Constitución (...) (…) es quimera ir a perseguirlos en sus últimas guaridas, porque no hay derecho, y porque es una crueldad desautorizada por la historia y peligrosa" .
Como vemos, el padre del aula hizo hincapié en que los habitantes indígenas eran argentinos amparados por la Constitución Nacional vigente, que establecía como atribución del Congreso: "Proveer a la seguridad de las fronteras; conservar el trato pacífico con los indios, y promover la conversión de ellos al catolicismo" (artículo 67, inciso 15). Avellaneda y Roca no podían usar el ejército para fines opuestos a la Constitución.
Y aunque estos tuvieron sus motivos y debemos entenderlos en el contexto (se trataba de una verdadera guerra), Sarmiento se opuso a la Conquista del Desierto y denunció sus abusos, por más de que muchos historiadores prefieran decir lo contrario.
