Después de cinco años en el Argentino A, Independiente retornaba a la máxima categoría del Ascenso. Del elenco que se consagró en la infartante final contra Guillermo Brown de Madryn se fueron once futbolistas. Entre ellos, algunos clave como 'Lobo' Cordone, 'Bati' Aranda, Luciano Cipriani y Leo Ramos. Para afrontar el periplo en la flamante categoría, fue uno de los clubes que más incorporaciones sumó: 14.
Desde Newell's llegó un joven Nahuel Guzmán, un arquero que había debutado en la primera de Newell's (luego compartió plantel en la Selección nada menos que con Messi). También sumó experiencia para la última línea: el lateral derecho Alejandro González, un histórico del Lobo jujeño, el ex marcador central de Villa Mitre, Ezequiel Palacio y el lateral izquierdo Walter Ledesma. Otro defensor que se sumó fue Miguel Abrigo. El mediocampo se reforzó con cuatro jugadores: Fioretto, Alastra, Marcos Fernández y Landa Garza. Por su parte, teniendo en cuenta los éxodos de Aranda, Cordone y Cipriani, la Lepra sumó cinco delanteros: Real, "Pala" Fernández, Ferrero, Caballero y Gómez.
El camino comenzó con el pie derecho. La suerte estuvo "azulado" en el debut ante Tiro Federal. En la segunda fecha, el empate (1-1) ante Platense fue positivo. A la semana siguiente, el 0-0 poco convincente ante Almagro despertó silbidos por la pobre actuación del equipo. El invicto llegó hasta la cuarta fecha: el 0-4 lapidario ante Aldosivi fue un golpe duro. Sin embargo, en la fecha siguiente, en el Malvinas, derrotó a Talleres 2-1 y trepó a la cima de la tabla junto a Rafaela. Pero el empate 1-1 ante La Gloria en la jornada siguiente lo alejaban de la cima. Viajó hasta Rafaela y le ganó a Ben Hur con un gol de Martín Gómez. Su regreso al Gargantini no fue el esperado: cayó ante Quilmes 2 a 1. Y en la siguiente volvió a perder ante el Santo en Tucumán. Una semana más tarde, desde la popular de la Lepra cayó una piedra que impactó en la cabeza del médico de Chicago, por lo que el árbitro decidió suspender el encuentro en el entretiempo cuando estaban 0-0. Con un zapatazo de afuera del área, Marcos Fernández le dio la victoria en Florencio Varela. Pero el déficit del equpio de Sialle era en casa y Almirante Brown se aprovechó de ello (1-2). Chacarita le dio otro cachetazo en la siguiente. Un sábado de noviembre llegaría el momento más trascendental de Independiente en ese torneo: la goleada 7-0 ante el Pirata cordobés. Un triunfo que se vio empañado por la violencia, ya que un hincha de Independiente, identificado como Damián Bautista Muñoz, murió como consecuencia de una herida de arma blanca. durante una pelea en la popular del Gargantini. En el partido más esperado de los últimos tiempos, Godoy Cruz venció 3-2 a un Azul que terminó con 9 jugadores y que jugó con 10 desde los 14' del primer tiempo. Ante la Crema, una semana después, fue 0 a 0. Y la derrota ante Unión en Santa Fe eyectó la salida de Sialle.
Con Roberto Trotta en la platea, Sergio Priseajniuc, el asistente de Sialle, dirigió de manera interina en la derrota (3-4) ante la CAI. Días má tarde, en el regreso del Cabezón a la dirección técnica leprosa, le ganó (1-0) sobre el final a Chicago y cerró 2007 con un triunfo. En el receso veraniego hubo una importante depuración. Se fueron González, Abrigo, Fioretto, Real y Sacripanti. Llegaron Aldo Paredes (ex Boca) y Marcos Ovejero (ex Argentinos). Además, repatrió al juvenil delantero Leandro Benegas.
El 2008 comenzó mal, con la derrota ante Tiro Federal en Rosario. Pero el 4-0 ante Platense trajo esperanzas. La excursión por Buenos Aires (Almagro y Ferro) no fue satisfactoria: apenas un punto de 6. Pero la angustiante victoria ante Aldosivi (3-2) con un penal convertido por Ferrero en el cuarto minuto de descuento, sirvió para enderezar el rumbo. A la semana siguiente, triunfó ante Talleres (3-1) en el Kempes. Pero Instituto le dio un baño de realidad y la malaria continuó ante Ben Hur y Quilmes. La resonante victoria ante el puntero tucumano le devolvió el alma al cuerpo y ofició de envión para vencer 2-1 a Chicago. Llegó otra mala racha de tres sin ganar, pero en Alberdi ratificó su paternidad sobre Belgrano. Tras perder nuevamente con Godoy Cruz, las últimas fechas fueron un desconcierto. El cabezazo salvador de Martín Abaurre ante la CAI, en Comodoro, sirvió para mantener la categoría. Se despidió con un insulso empate ante Ferro. Misión cumplida para el Azul, que logró el objetivo original de permanecer en la categoría.
