En abril de 1871 mientras el general tomaba mate en su casa, la tranquilidad fue desmoronada al grito de "¡Muera el tirano traidor Urquiza!". Un grupo de hombres -al servicio de López Jordán, un antiguo lugarteniente devenido en enemigo- irrumpieron en la residencia de San José y acabaron brutalmente con la vida del ex presidente.
Siguiendo a Beatriz Bosch, la mayor especialista sobre Justo José, este asesinato fue fruto de una conspiración urdida mucho tiempo antes, teniendo como remate la disconformidad que generó entre los federales su apoyo a las presidencias de Mitre y Sarmiento.
Hay muchas evidencias como para concordar con Bosch, una de ellas proviene de una consagrada pluma nacional, José Hernández -autor del Martín Fierro- que en su Vida del Chacho, escribió en 1863:
"La sangre de Peñaloza clama venganza, y la venganza será cumplida, sangrienta, como el hecho que la provoca, reparadora como lo exige la moral, la justicia y la humanidad ultrajada con ese cruento asesinato. La historia de los crímenes no está completa. El general Urquiza vive aún, y el general Urquiza tiene también que pagar su tributo de sangre a la ferocidad unitaria, tiene también que caer bajo el puñal de los asesinos unitarios como todos los próceres del partido federal. Tiemble ya el general Urquiza; que el puñal de los asesinos se prepara para descargarlo sobre su cuello, allí, en San José, en medio de los halagos de su familia, su sangre ha de enrojecer los salones tan frecuentados por el partido unitario".
Aunque, luego del magnicidio, Hernández escribió todo lo contrario en el diario El Río de la Plata, donde tenían espacio sus columnas: "Nos hemos pronunciado abiertamente contra el asesinato del general Urquiza, porque aparte del hecho mismo, no creemos que sobre la sangre pueda cimentarse jamás nada sólido ni duradero… ".
Urquiza ocupaba el cargo de gobernador, una vez muerto López Jordán lo suplantó con ayuda de la Legislatura entrerriana. Ante esta situación sumamente delicada, debido al peso político e histórico, Sarmiento -por entonces presidente- decidió consultar con las altas figuras políticas el camino a seguir, incluyendo a los opositores. A aquella reunión asistieron Mitre -principal opositor-, Adolfo Alsina -que a pesar de ser el vicepresidente tenía muy mala relación con Domingo Faustino-, Quintana, Mármol y Tejedor, entre otros. Todos dieron su apoyo al sanjuanino y se decidió intervenir la provincia y, por supuesto, desconocer a López Jordán como gobernador. "Entrerrianos: la libertad no tiene por instrumento un puñal" rezaba parte del comunicado presidencial.
El ímpetu belicoso de López Jordán fue un gran dolor de cabeza para el gobierno nacional, pues después de este levantamiento vendría otro. El autor del Martín Fierro terminó sumándose a sus filas y sobre eso hay otro mito, el de Sarmiento poniendo precio a su cabeza.
"Hernández -especifica Rogelio Alaniz- es perseguido por Sarmiento, pero no sin tregua. Después del primer levantamiento de López Jordán está en Buenos Aires, en el célebre hotel donde escribirá el Martín Fierro. Mal puede ser perseguido quien se aloja en un hotel en pleno centro (… ) Se dice que Sarmiento puso precio a la cabeza de Hernández. En realidad el proyecto presentado en el Congreso, y que no fue aprobado, otorgaba recompensa a quienes capturaran a los jefes del levantamiento armado (… )
En ningún momento se habla de pena de muerte o se nombra a Hernández".
A pesar de esto, a algunos historiadores les gusta decir todo lo contrario sustentándose en un gran apego por de sus propios prejuicios.
