La noticia del triunfo de Urquiza en la batalla de Caseros tuvo repercusiones inmediatas en Mendoza. El comandante Alejo Mallea, quien había depuesto, instigado por Rosas, al gobernador Pedro Pascual Segura en 1847, es separado de su cargo por la legislatura, que, repone en el cargo a Segura.
Este gobernador, viticultor y ganadero, participará del Acuerdo de San Nicolás y luego de la sanción de la Constitución Nacional encarga a Juan Bautista Alberdi el proyecto de Constitución para la provincia, que es aprobada en 1854.
Mendoza es la primera provincia en contar con constitución. Mendoza en el período anterior al ciclo conocido como el de la Organización Nacional, había logrado mantener una razonable institucionalidad. No tuvo gobernadores que se eternizan en el poder, como Benavídez en San Juan, o Ibarra en Santiago del Estero, ni se suprimió la legislatura.
Los períodos de gobierno eran de tres años, con una sola reelección y salvo en la gobernación del fraile Aldao, hubo menos crueldades que en otras provincias. Urquiza, el primer presidente constitucional de la Confederación Argentina de las trece provincias que aceptaron la Constitución Nacional de 1853, es un hombre de la modernidad, como lo demuestran tanto sus iniciativas de gobierno como, su actuación de empresario privado.
Se terminan las aduanas interiores y los derechos de tránsito por las provincias, que impedían la formación de un mercado interno nacional y que en el caso de Mendoza había llevado a un conflicto con San Luis durante el gobierno anterior de Pedro Pascual Segura.
Hay iniciativas para promover la educación, se funda el correo nacional, se forman empresas de carruajes y mensajerías, se proyectan ferrocarriles como el de Rosario a Córdoba y desde esta ciudad de Cuyo.
Pero muchas de estas medidas se postergan porque el gobierno de la Confederación instalado en Paraná, al segregarse la provincia de Buenos Aires, carece de recursos para poner en marcha sus ambiciosos proyectos. Sus escasos ingresos dificultaban la posibilidad de contraer empréstitos para construir obras de envergadura como las ferroviarias.
La Confederación era sostenida por la provincia de Entre Ríos, entonces la más importante, después de Buenos Aires, gracias a los progresos alcanzados durante los gobiernos del vencedor de Rosas. Pero la diferencia con Buenos Aires era abismal.
La riqueza de la provincia secesionista triplicaba a la de las trece provincias juntas. Mendoza, a la que Mitre en el diario “los debates” alababa como la única provincia -junto con San Juan- con agricultura, tiene ahora sin restricciones el acceso al mercado chileno.
El gobierno nacional instala la aduana y permite el libre tránsito de mercaderías. Seguirá siendo la exportación de ganado vacuno su ingreso más importante. Todos los años unas cuarenta mil cabezas de ganado son arreadas hacia Chile cruzando la cordillera.
Estancieros como Ezequiel Tabanera, Nicolás Suárez. Angelino Arenas, Domingo Bombal o Carlos González, entre otros, serán los más importantes participantes en esta actividad A pesar de los costos para llevar los productos agrícolas o el vino a los mercados del Litoral, el gobierno apunta al futuro y es así como el gobierno de Segura, acepta los consejos de Sarmiento de contratar al ingeniero agrónomo francés Michel Aimé Pouget. Con su dirección el gobierno de Mendoza funda en 17 de abril de 1953 la Quinta Agronómica en terrenos de la Hacienda de San Nicolás.
El ingeniero Pouget, que estaba residiendo en Chile, trae barbechos de cepajes franceses, entre ellos el emblemático malbec. Cabe destacar que los sucesos europeos con las fallidas revoluciones liberales de 1848 y la decisión de Urquiza de promover el desarrollo del país, posibilitó la radicación en nuestro país de un grupo de inmigrantes franceses altamente calificados. No ha llegado aún el momento de la vitiviniculura mendocina.
En Entre Ríos, la provincia de Urquiza la radicación de agricultores franceses, promoverá el desarrollo de la misma que tendrá la ventaja de la baratura del transporte fluvial, que con la libre navegación de los Ríos desarrollará un enorme despegue.
Sin embargo, la expectativa de mejora de las comunicaciones y el regreso de emigrados desde Chile harán que la agricultura, tanto la de cereales como la frutícola y la del vino se vayan expandiendo. Unos años antes se funda por parte de Carlos González la Bodega Panquehua.
Después de Caseros Salvador Civit construye una bodega en Godoy Cruz y Nicolás Laurel Guevara otra, también en ese departamento, entonces denominado San Vicente.
En el orden nacional, además de la cuestión de la segregación de Buenos Aires -que algunos pretendían definitiva- el gobierno de Urquiza tuvo que lidiar con diversos conflictos interprovinciales, heredados de Rosas.
El ex gobernador los promovía para evitar que una unión de provincias lo enfrentara. Sobre ese equilibrio precario debió gobernar el general Urquiza para consolidar el poder nacional y lograr, la reincorporación de Buenos Aires, que era fundamental para lograr el despegue del país.
Esa visión lo elevó por encima de gobernantes de provincias que no miraban más allá de los estrechos límites de sus aldeas. Mendoza afrontará en 1861 el peor terremoto de su historia. La ciudad quedó en ruinas, los muertos se contaron por miles y produjo un recambio político al tener que alejarse del gobierno el coronel Laureano Nazar.
En ese mismo año con la batalla de Pavón colapsa la Confederación Argentina. Al año siguiente asume Mitre como el primer presidente de la Nación unificada. Si bien la guerra con el Paraguay distrae recursos, la concesión del ferrocarril Central Argentino para unir Rosario con Córdoba se concreta y en 1865 se inician los trabajos que concluyen con la inauguración en 1870.Se van acortando las distancias.
En 1868 el diputado Francisco Civit logra que el Congreso apruebe un programa de obras públicas que incluyen la prolongación del Ferrocarril desde Villa María a Mendoza.
Con el ferrocarril y la Ley de Irrigación de Antonio Bermejo en 1884, se sientan las bases de la economía mendocina que llega hasta nuestros días.