El postergado comienzo del año futbolístico posibilitó que Godoy Cruz, al igual que todos los equipos del fútbol argentino, tuviera un tiempo de trabajo mucho mayor que al de temporadas anteriores.
La ansiedad iba en aumento hasta que finalmente el debut llegó en la Copa Libertadores de América. Fue un convincente empate 1-1 en el Malvinas Argentinas ante uno de los candidatos a ganar el trofeo: Atlético Mineiro, que entre sus filas tenía nada menos que a Fred y Robinho.
A los pocos días, el Tomba viajó a Rosario y derrotó a Central (1-0) con un gol de Gastón Giménez y una tremenda actuación de Rodrigo Rey, quien atajó un penal.
A la semana siguiente, el 2-0 ante San Lorenzo (con doblete de Pol Fernández) invitaba a soñar. Racing le dio un baño de realidad. El Tomba ganaba, pero la
Academia lo dio vuelta ante un equipo que sólo atinó a defenderse.
Acto seguido, derrotas ante River y Colón y viaje a Paraguay para concretar la hazaña de dar vuelta el resultado ante Libertad y, con doblete de Ángel González, lograr el primer triunfo como visitante en el plano internacional. Más, después del 3-1 ante Banfield en uno de los mejores partidos del Tomba en el campeonato. La ratificación llegó con una victoria 2-0 ante un débil Sport Boys. La clasificación era un sueño posible.
La apuesta original, que según Bernardi iba a ser el torneo, cambió de timón. Con suplentes, cayó en el torneo y viajó a Bolivia para vencer a Sport Boys quedar a un paso de octavos. Faltaba un punto. Y ese punto llegó ante Libertad, luego de un final para el infarto en el que Rey se vistió de héroe para evitar la caída de su arco. Por primera vez en la historia, Godoy Cruz (y Mendoza) se metía de lleno en los octavos de final de la Copa Libertadores de América.
Luego del castigo (fue separado y jugó en Reserva por disposición de Bernardi debido a su sobrepeso), llegó el indulto para el Morro García, quien reapareció en un partido ante Defensa y Justicia en Varela. Y a la semana siguiente, el uruguayo metió un doblete para derrotar 2-1 a San Martín en el clásico jugado en San Juan.
La derrota en Brasil (1-4) ante Mineiro fue para la anécdota, pero hizo mella entre el DT y la dirigencia; la relación ya estaba rota. Y la gota que rebasó el vaso fueron las últimas derrotas en casa y frente a Gremio, en la ida de Octavos.
Larriera asumió con la misión de mejorar el juego, pero no lo logró a pesar de ganar todo de local. Llegó hasta Cuartos de la Copa Argentina, pero quedó eliminado de manera insólita ante Central. No le encontró la vuelta y tuvo que abandonar el barco.
Rodrigo Rey, el "1" que llegó en silencio y se convirtió en héroe
Fue por lejos el mejor jugador de Godoy Cruz Antonio Tomba entre el segundo semestre de 2016 y el primero de 2017. Con 6,30 de promedio Más Deportes, a fuerza de atajadas espectaculares (la más importante fue la que le dio la clasificación a los Octavos de final de la Copa Libertadores frente a Libertad, en el último minuto y frente al paraguayo Sergio Aquino) se erigió en la gran figura de Godoy Cruz en el campeonato de Primera División que quedó en poder de Boca Juniors.
Rodrigo Rey, el nacido en Las Parejas, el que hizo inferiores en River Plate, que luego pasó por Newell’s y finalmente desembarcó en el Expreso para debutar en el fútbol grande en 2015, se consolidó como líder del equipo y generó el interés de varios clubes. Finalmente, en julio de este año pasó al PAOK Salónica FC que disputa la Superliga de Grecia.