Godoy Cruz y Estudiantes se ponen de acuerdo por la transferencia de Enzo Nicolás Pérez al Pincha. En dicho equipo fue finalista de la Copa Sudamericana 2008 y campeón de la Copa Libertadores 2009.
Seis meses más tarde Estudiantes fue a jugar el Mundial de Clubes 2009 en Abu Dhabi. En la semis ante el Pohang Steelers, Pérez asistió a Leandro Benítez para marcar el segundo gol, partido que finalmente fue victoria platense por 2-1.
En la final ante FC Barcelona, su equipo estuvo en ventaja hasta el minuto 88, donde le igualaron el encuentro, y se lo darían vuelta en el tiempo suplementario.
