En el departamento de San Rafael existen varios sitios arqueológicos descubiertos y otros, se supone, por descubrir. Uno de ellos, considerado de los más importantes del país y del continente es la "Gruta del Indio" o "Cueva del Indio" localizada en formaciones volcánicas a unos 25 km al sur de la misma ciudad en el lugar conocido como "El Escorial".
Según el doctor Gustavo Neme, investigador, licenciado en Antropología en la Universidad Nacional de La Plata y doctorado en Ciencias Naturales en la misma Universidad e investigador asistente del Conicet "se trata de un sitio de mucho valor arqueológico porque permite un registro muy claro de la presencia humana en esta parte desde hace al menos 11.000 años". El científico desarrolla sus tareas en el Museo de Ciencias Naturales de este departamento.
En los estudios realizados desde 1950 por el arqueólogo Juan Sempar y el entonces joven estudiante Humberto Lagiglia (después consagrado arqueólogo) urgió como el gran descubrimiento un fardo funerario que contenía la momia de un niño de 8 años.
En este "fardo", hoy en exposición en el Museo de Ciencias Naturales citado, se halló un canastito con semillas de quinoa y en fecha reciente muchas semillas más de porotos, zapallo y maíz, como así también restos de pescados, lo que indica que esos humanos consumían productos de la pesca; un hallazgo de mucha importancia para los arqueólogos. Esta cultura ha sido denominada de los agricultores del Atuel.
También en el museo se expone junto a la momia, una serie de elementos en perfecto estado de conservación como la cesta que se acostumbraba a poner en la cabeza del difunto, una especie de alforja con bordados de caracoles de pequeño tamaño y bordados. Este "bolso" también conserva perfectamente el color con el cual fue teñido el cuero de guanaco.
Por todo ello desde el momento del descubrimiento y hasta la actualidad el sitio se transformó en un centro de investigaciones arqueológicas considerado uno de los lugares más importantes en América del Sur.
En los alrededores hay una gran cantidad de pinturas rupestres, las cuales se encuentran en buenas condiciones aunque en sectores localizados hay procesos de deterioro fuerte originados principalmente por la actividad humana.
También en este sitio arqueológico hay un área de vegetación nativa del monte en muy buen estado de conservación (algarrobos, chañares, molle, piquillín, y cactáceas entre muchas otras especies).
Es intención de los propietarios del lugar (es propiedad privada y se accede sólo con permiso especial) unirlo con otras áreas próximas como el "Salto el Morado", "Reparo de las pinturas rojas", "Los parapetos del Atuel", y el sitio "Rincón del Atuel 1", entre otros, y formar un circuito controlado para visitas de turismo arqueológico. Por ahora en el Museo, a cargo del licenciado en Geología Luis Ballarini, se realizan visitas guiadas para chicos y jardines de 4 y 5 años. Los docentes deben comunicarse con el museo para reservar fecha.
